關於本專題中心

系統分類及生物多樣性資訊專題中心成立的宗旨,在於成為臺灣生物多樣性資訊彙整、流通、分析與應用的中心,常態性業務包括:

  1. 臺灣生物多樣性資訊的彙整與應用
  2. 推廣生物多樣性開放資料 (open data)
  3. 舉辦生物多樣性資訊學教育訓練
  4. 與國際生物多樣性資訊及保育相關組織的聯繫
  5. 生物多樣性資訊平台及工具的開發與維護

何謂生物多樣性資訊學?

隨著數位和網路時代的來臨,生物多樣性研究者用於倉儲、傳布與分析的資料格式,除實體標本和紙本資料等「傳統格式」外,對數位格式的依賴程度也越來越重,於是生物多樣性資訊學因應而生 ─ 概括地說,生物多樣性資訊學 (Biodiversity informatics) 是透過對資訊技術及電腦科學的開發與應用,改善對生物多樣性資料進行管理、傳布、探索、分析、呈現時的策略,乃至於提供有用的資訊以裨益地區、國家甚至全球對自然生態的研究及對自然資源的管理。

Biodiversity informatics 與 Bioinformatics (有譯作生物資訊學) ,彼此間的界線不一定是明確的,但在實務上經常因為使用者本身的偏好而令聽者產生混淆。我們認為,當 Bioinformatics 是採取較為廣義的定義 ─ 意指任何將資訊技術應用在生物研究領域的學門,Biodiversity informatics 或可視為 Bioinformatics 的一個分支。但 Bioinformatics 更常被用來專指將資訊技術應用在對分子階層 (包括 DNA、RNA 和蛋白質序列等) 資料的管理分析上,以及利用分子序列推估物種在演化上的親緣關係 (暫稱為狹義的 Bioinformatics) 等。相較下,Biodiversity informatics 領域所針對的「生物多樣性資料」很大部分屬於所謂的分類群資料 (taxonomic data) 和出現資料 (occurrence data) ─ 即生態調查事件中的物種出現記錄,而後續將這些資料應用到對自然資源管理政策的擬定、新種的探勘、niche modelling 等,也是狹義的 Bioinformatics 較少涉及的。

推廣開放資料、國際生物多樣性資料標準及資料論文
舉辦生物多樣性資訊學教育訓練
與國際生物多樣性資訊與保育相關組織保持聯繫

開放資料 (open data) 係指資料可被任何人自由地取得、使用、分析及再傳布,過程中不會受到版權、專利或任何相似機制的限制。由於生物多樣性研究不乏需要跨國合作的時候 (例如分類群分類地位的釐清),加上生物多樣性的持續下降屬於全球性議題,「令越來越多的生物多樣性資料在全球資訊網 (Web) 上成為開放資料進而彼此連結」成為國際上持續努力的目標。GBIF (The Global Biodiversity Information Facility) ─ 一個生物多樣性資訊領域的國際組織,即致力於在世界各國設立節點,由各國節點於國內推動資料的開放與發佈、資料標準的使用、資料論文 (data paper) 的發表等。而 GBIF 於台灣的節點 ─ TaiBIF,目前即由端木茂甯老師擔任節點經理 (node manager),由專題中心團隊負責維護 TaiBIF 資訊平台,及籌畫舉辦生物多樣性資訊學工作坊。有關 TaiBIF、資料的開放與發布、資料標準等,可參考上方選單專案底下的 TaiBIF;關於工作坊,可參考選單中的事件。

開發、維護生物多樣性資訊平台及工具

生物多樣性資訊學的起源與生物學家對分類群資料庫 (taxonomic database) 的需求脫不了關係,畢竟分類群是生物多樣性研究的核心概念之一,後續如物種的百科辭條、各物種 occurrence data 的管理等都需仰賴足夠穩健的分類群資料庫。簡言之,國家的「分類群資料庫」目的在於管理與統整國內所有分類學家對於各分類群的見解,在臺灣相應的計畫與資訊網稱為 TaiBNET,又稱 TaiCOL,與國際上的 COL (The Catalogue of Life) 對應。「物種百科」用於提供各物種較具一般性、科普性、教育性的描述內容與影像資料,在臺灣相應的計畫與資訊網稱為 TaiEOL,與國際上的 EOL (The Encyclopedia of Life) 對應。而更傾向於服務學術研究、以收錄各物種 occurrence data 及各種生態調查事件相關資料的計畫與資訊網,就是 TaiBIF,與國際上的 GBIF 對應。以上與 TaiBNET、TaiEOL、TaiBIF 計畫各別對應之資訊網,專題中心皆曾參與開發與維護,但近年主要專注在對 TaiBIF 的開發、改版與維護上,未來應該也會以此為核心。有關 TaiBIF 資訊網更多詳情,可參考上方選單專案底下的 TaiBIF。此外,因應不同計畫所面臨的困難,專題中心也會嘗試以資訊的角度開發新工具來解決問題,例如可進行學名批次比對的 NomenMatch 服務,有關此服務,可參考上方選單專案底下的 NomenMatch。

與其他生物多樣性研究工作者的合作

專題中心與國內其他生物多樣性研究者間也有合作關係,如與臺灣特有生物研究保育中心共同建立的臺灣野生動物路死觀察網,以及和鱗翅目分類學家吳士緯博士合作維護的蝶蛾網。更多關於合作專案的詳情,可參考上方選單專案底下的各個子項。